Cercetătorii care au publicat în Jurnalul de Investigații Clinice au arătat că semnalele de cromatină recuperate din plasmă de la pacienți ar putea identifica programele de transcripție care definesc principalele subtipuri moleculare de SCLC. Abordarea, cunoscută sub numele de secvențierea imunoprecipitării cromatinei fără celule sau cfChIP-seq, a furnizat, de asemenea, informații despre încărcătura tumorală și starea bolii.
Studiul a fost realizat de cercetători de la Universitatea Ebraică din Ierusalim, Institutul Național de Cancer, Centrul Medical Hadassah-Universitatea Ebraică, Universitatea Northwestern și alte instituții colaboratoare.
Majoritatea biopsiilor lichide în oncologie se concentrează pe modificările genetice purtate de ADN-ul tumoral circulant. Această strategie are limitări în SCLC deoarece, deși boala elimină cantități semnificative de ADN în sânge, mutațiile recurente nu împart SCLC în subtipuri moleculare semnificative din punct de vedere clinic.
În schimb, cfChIP-seq analizează nucleozomii eliberați în circulație și identifică modificările histonice asociate cu genele active. Practic, tehnica oferă o imagine de ansamblu a programelor de transcripție active în celulele care contribuie cu ADN la sânge.
Analizând sute de mostre de plasmă, cercetătorii au detectat semnale corespunzătoare factorilor de transcripție care definesc liniile de celule, incluzând ASCL1, NEUROD1, POU2F3 și ATOH1. Atunci când rezultatele plasmatice au fost comparate cu secvențierea ARN din tumori similare, semnalele de cromatină reflectau strâns expresia acestor gene asociate subtipului.
Potrivit cercetătorilor, SCLC este tot mai bine înțeles ca o colecție de stări de transcripție în loc de o singură boală biologic uniformă. Aceste stări pot diferi în vulnerabilitățile terapeutice chiar atunci când profilurile lor de mutații de bază sunt similare.
Conceptul de identificare a subtipurilor de SCLC din sânge nu este complet nou. Studiile anterioare au extras informații despre subtip din metilarea cfDNA sau modelele de organizare a nucleozomilor. Noul studiu abordează diferit prin îmbogățirea directă a nucleozomilor circulanți care poartă semne de cromatină activă, permițând cercetătorilor să concluzioneze activitatea genetică în loc de a se baza doar pe secvența ADN-ului sau pe modele structurale.
Metoda ar putea avea și un avantaj față de o singură biopsie de țesut atunci când tumorile sunt heterogene. La unii pacienți, plasmele conțineau dovezi ale mai multor programe de transcripție asociate subtipului, în special activitatea ASCL1 și NEUROD1 care se suprapuneau. Cercetătorii sugerează că materialul circulant ar putea să preia semnale de la mai multe situri metastatice care nu sunt reprezentate de o singură biopsie.
Valoarea clinică imediată trebuie să fie stabilită. Studiul actual a fost în mare parte conceput pentru a demonstra fezabilitatea biologică și tehnică, iar autorii subliniază că studii mai ample sunt necesare pentru a confirma eficacitatea clinică a acestei metode.
Sursa articol https://insideprecisionmedicine.com
Senior Editor RevistaSanatatii.ro. Pasionat de lifespan, fan David Sinclair.
