Analiza actuală a metilării folosește în mod obișnuit bisulfit, care convertește citozinele nemetilate în timine, reducând secvența de patru baze (ATCG) la trei baze. Dar această metodă este indiscriminată și afectează practic tot ADN-ul din probă, nu doar zonele de metilare. TAPS+, prescurtarea pentru secvențierea cu piridină borană asistată de TET, este un proces de citire pozitivă care convertește direct citozinele metilate (5mC) în timine, păstrând citozinele nemetilate, menținând completa complexitate a secvenței. Metoda atinge o eficiență de conversie de peste 98% și este compatibilă cu tipuri de probe dificile, inclusiv țesuturi fixate în formalină și incluse în parafină (FFPE) și ADN tumoral circulant (ctDNA).
Potrivit Watchmaker, TAPS+ îmbunătățește acoperirea în regiunile CpG, reduce rezultatele false și scurtează timpul de analiză computațională cu 30% sau mai mult. Fluxul de lucru poate fi finalizat în aproximativ șase ore și se integrează cu mai multe platforme de secvențiere. Acest abordare platformă-agnostică este conceput pentru a permite laboratoarelor să încorporeze chimia în fluxurile de lucru existente fără acorduri restrictive de licențiere.
Matija Snuderl, MD, director al patologiei moleculare la NYU Langone Health, a fost unul dintre primii evaluatori timpurii ai noii chimii din TAPS+ și remarcă că „Cu TAPS+, putem detecta direct 5mC alături de genele conducătoare, chiar din probe dificile precum FFPE sau ctDNA din lichidul cefalorahidian. Combinarea unui flux de lucru unitar și a unei chimii îmbunătățite oferă tipul de insight multimodal pe care l-am așteptat în oncologia de precizie.”
Snuderl a prezentat date despre munca sa cu TAPS+ miercuri, în cadrul întâlnirii anuale și expoziției Asociației de Patologie Moleculară (AMP) din Boston.
În evaluarea continuă a tehnologiei, Snuderl a observat că datorită performanței sale remarcabile în păstrarea integrității regiunilor nemetilate ale unei probe de ADN, el poate obține profile genomice și de metilare cuprinzătoare din doar un nanogram de ADN, reprezentând o reducere de până la 250 de ori a materialului în comparație cu metodele convenționale.
Folosind biopsii lichide de ctDNA de la pacienți cu glioblastom, Snuderl și echipa sa au identificat mutații conducătoare, modificări ale numărului de copii, rearanjamente cromozomiale și clasificatoare bazate pe metilare dintr-un singur test. Este important de menționat că datele generate folosind TAPS+ s-au aliniat cu cele obținute din secvențierea bazată pe țesut, ceea ce este deosebit de important.
Senior Editor RevistaSanatatii.ro. Pasionat de lifespan, fan David Sinclair.
