„Se pune mult accent pe generarea datelor, dar eforturile relativ modeste sunt dedicate analizării mai bune a acestor date,” a declarat autorul principal Bibo Jiang, Ph.D., profesor asistent de științe medicale la Colegiul de Medicină Penn State. „Există mult mai multe informații care ar putea fi extrase din seturile de date existente și munca noastră încearcă să digere mai bine aceste informații. Are potențialul de a crea un nou paradigma pentru înțelegerea bolilor legate de creier.”
Cercetarea pentru această nouă metodă a fost întreprinsă pe baza necesității de a lega mai bine variantele genetice non-codificatoare care sunt adesea identificate în studiile de asociere genomice cu diferențele măsurabile în expresia genelor. „Studiile de asociere genomice au identificat multe loci pentru tulburările cerebrale, dar majoritatea variantelor non-codificatoare nu se suprapun cu loci de expresie cantitativă de țesuturi. Studiile de expresie cantitativă de loci pe celule individuale capturează reglementările specifice tipului de celule, dar sunt adesea subalimentate,” au scris cercetătorii.
Pentru a ajuta la umplerea acestui deficit de informații, echipa de la Penn State a dezvoltat noua lor abordare, numită BASIC (Bulk And Single cell eQTL Integration across Cell states), care combină datele de expresie cantitativă de loci pe țesuturi și celule individuale prin modelarea efectelor comune și distincte de reglementare pe șapte tipuri de celule cerebrale. În loc să trateze fiecare tip de celulă în mod separat, metoda utilizează componente principale ale expresiei genelor pentru a stabili „ax-QTL-uri”, care capturează efectele comune și distincte de reglementare între tipurile de celule și îmbunătățește semnificativ capacitatea de a identifica variantele de reglementare.
Utilizând BASIC, echipa a identificat 5.644 de gene suplimentare cu eQTL-uri (o creștere de 74,5%) în comparație cu datele pe celule individuale. Acest lucru echivalează cu o creștere a dimensiunii eșantionului cu 76,8%. BASIC a crescut, de asemenea, exactitatea legării variantelor genetice la 12 boli legate de creier cu 53% în raport cu analizele pe celule individuale și cu 111% în raport cu studiile pe țesuturi. Acest lucru este deosebit de important pentru analiza celulelor precum microglia, care au fost asociate cu neuroinflamația și boli neurodegenerative, dar sunt dificil de studiat din cauza abundenței reduse în mostrele de țesut.
În mod specific, utilizând BASIC, echipa a descoperit noi gene asociate cu…
Sursa: [Nature Communications](linkulsourceoriginal)
Senior Editor RevistaSanatatii.ro. Pasionat de lifespan, fan David Sinclair.
