FMT pentru tratarea infecțiilor recurente cu Clostridium difficile este acum o opțiune terapeutică aprobată, cu două companii obținând aprobarea FDA pentru tratamentele lor bazate pe FMT în 2022 și 2023.
Deși ratele de succes ale FMT în cazul pacienților cu C. difficile sunt foarte mari, de peste 85% după o singură infuzie, terapiile bazate pe microbiomul intestinal pentru tratarea altor afecțiuni precum boala inflamatorie intestinală sau cancer se află încă într-un stadiu incipient de dezvoltare. Aceasta se datorează în parte complexității microbiomului intestinal, ceea ce face dificilă determinarea mecanismelor de succes ale acestor terapii.
„Urmărirea precisă a tulpinilor bacteriene care se implantează stabil la beneficiarii FMT este esențială pentru înțelegerea determinanților implantării tulpinilor, evaluarea corelațiilor cu rezultatele clinice și ghidarea dezvoltării consorțiilor terapeutici”, scriu investigatorul principal Gang Fang, PhD, profesor la Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, și colegii săi în revista Nature Microbiology.
În trecut, urmărirea FMT sau măsurarea tulpinilor din microbiomul intestinal s-a bazat în mare parte pe tehnologia de secvențiere a citirilor scurte, dar aceasta are limite în ceea ce privește precizia și acuratețea.
În acest studiu, Fang și echipa sa au folosit secvențierea cu citiri lungi și o metodă computațională pe care au dezvoltat-o intern, numită LongTrack. Această metodă a produs rezultate de urmărire mult mai bune decât secvențierea și asamblarea tradițională cu citiri scurte.
„Putem urmări tulpina bacteriană donatoare tulpină cu tulpină cu un nivel de fiabilitate și scalabilitate care nu era posibil anterior folosind abordări bazate pe secvențierea cu citiri scurte”, a declarat Fang într-un comunicat de presă.
„Aceasta ne oferă o înțelegere a ceea ce se întâmplă cu sutele de bacterii donatoare după transplanturile fecale, cum se adaptează la mediile gastrointestinale noi ale pacienților și indică calea către tratamente mai sigure, mai consistente și, în cele din urmă, mai precise.”
Noua tehnică permite identificarea și urmărirea mai multor tulpini de bacterii în mod precis chiar dacă sunt strâns legate unele de altele, ceea ce este dificil de făcut folosind metodele convenționale.
Utilizarea citirilor lungi capturează, de asemenea, inserții mari, delecții, plasmide și modele de metilare imposibile cu citirile scurte, permițând studiul adaptării tulpinii la un mediu gazdă nou după implantare.
„Descoperirile noastre ne apropie de medicina de precizie pentru microbiom”, a spus Fang. „Acum putem urmări bacteriile benefice în mod fiabil și pe scară largă pe parcursul timpului și, mai important, înțelege mutațiile genetice implicate în adaptarea lor la beneficiari – un pas esențial către proiectarea unor tratamente eficiente și consistente.”
Senior Editor RevistaSanatatii.ro. Pasionat de lifespan, fan David Sinclair.
