Cartografierea de Proximitate Genomică (GPM) capturează interacțiunile cromatinei în 3D, permițând detectarea variantelor structurale ascunse, care cauzează boli, într-un mod imposibil prin metodele convenționale.
Metoda de secvențiere a capturării conformației cromozomiale de înaltă capacitate (HiC), detaliată în Jurnalul de Diagnostic Molecular, oferă o abordare eficientă din punct de vedere al secvențierii pentru detectarea rearanjamentelor cromozomiale la scară largă.
Spre deosebire de abordările lineare tradiționale care tratează ADN-ul ca o secvență unidimensională, instrumentul de cartografiere Hi-C dezvăluie aranjamentul spațial al locilor genomice.
Acest lucru permite urmărirea modelelor anormale de contact în interacțiunea cromatinică în genom și permite identificarea atât a modificărilor în numărul de copii, cât și a rearanjamentelor de ADN.
„Am fost entuziasmați de câtă complexitate ascunsă a dezvăluit GPM”, a declarat cercetătorul He Fang, PhD, de la Școala de Medicină de la Universitatea din Washington din Seattle.
„Utilizarea uneltelor moderne precum GPM ne permite să descoperim rearanjamentele ascunse de ADN pe care testele standard le ratează.”
Fang și echipa sa au aplicat GPM la 123 de persoane diagnosticate cu tulburări constituționale cauzate de variante structurale genomice identificate prin metodele standard de îngrijire. Au fost incluse și patruzeci de persoane control normale, precum și cinci linii celulare cu variante structurale bine caracterizate pentru a servi drept puncte de referință în analiză.
GPM a detectat corect toate variantele cromozomiale mari anterior identificate în grupul principal de 123 de participanți, care includeau 110 de ștergeri/duplicări anterior identificate și 27 de rearanjamente.
Instrumentul Hi-C a descoperit punctele de rupere ale rearanjamentelor echilibrate și neechilibrate cu un grad ridicat de precizie, până la aproximativ 10 kb. De exemplu, un pacient cu o translocație cunoscută de trei căi a fost identificat cu 13 puncte de rupere pe patru cromozomi când a fost utilizată cartografierea GPM.
Instrumentul a menținut o performanță robustă cu mostre dificile, inclusiv țesuturi fixate în formalină, incluse în parafină, și a fost capabil să detecteze mozaicismul cu o sensibilitate ridicată.
De asemenea, a descoperit 12 variante structurale noi care au fost ratate de testele clinice standard.
Concluziile au relevat că pacienții cu mai mult de două rearanjamente cromozomiale identificate de citogenetică tradițională adesea adăpostesc rearanjamente criptice suplimentare care rămân nedetectate de metodele standard de îngrijire.
În fiecare pacient care avea mai multe rearanjamente prin teste tradiționale, GPM a descoperit schimbări criptice suplimentare.
„A fost, de asemenea, impresionant că GPM a detectat variante mozaice la nivel scăzut, sau celule cu compoziție genetică diferită, cu o sensibilitate ridicată”, a raportat Fang. „Aceste descoperiri au depășit așteptările noastre și subliniază puterea acestei noi metode.”
Autorii au remarcat că un avantaj central al GPM este capacitatea sa de a detecta translocațiile și alte rearanjamente la un lo
Senior Editor RevistaSanatatii.ro. Pasionat de lifespan, fan David Sinclair.
