Autorii încep discuția enumerând punctele forte și limitările ceasurilor epigenetice bazate pe metilare convențională. Ei observă că, deși aceste ceasuri au capacitatea de a prezice bine în ansamblu, sunt solicitante din punct de vedere tehnic, iar site-urile CpG pe care le folosesc nu sunt întotdeauna corelate în mod interpretabil cu expresia genetică.
În schimb, ei preferă ceasurile transcripționale, care măsoară genele exprimate (transcriptomul) în loc de metilarea epigenetică. Ei consideră că astfel de ceasuri sunt mai sensibile la perturbații și inteligența artificială autonomă a fost deja folosită pentru a descoperi intervenții potențiale împotriva îmbătrânirii.
Recent, am publicat un articol despre cum ceasurile epigenetice sunt sensibile la influențele pe termen scurt, iar ceasurile transcripționale pot fi chiar mai sensibile decât acestea. Aceste ceasuri au și probleme semnificative legate de disponibilitate; autorii menționează ceasuri transcripționale care nu au software disponibil și nu pot fi folosite la fel de simplu precum multe ceasuri epigenetice.
Pentru a acoperi această lacună, cercetătorii au dezvoltat un ceas folosind trei seturi de date separate. După compararea performanței mai multor modele potențiale prin excluderea unuia dintre seturi, au concluzionat că un model construit cu o deplasare de vârstă de 40 de ani a fost cel mai precis în evaluarea îmbătrânirii biologice atunci când a fost aplicat pe date de secvențiere ARN. Acest model a devenit Predicting Age-Shift from Transcriptomic Analysis (Pasta), o ceasornică pe care ei o descriu ca fiind „gata de utilizare”, aplicabilă pe mai multe țesuturi și pe mai multe platforme experimentale.
În majoritatea seturilor de date testate de acești cercetători, Pasta a depășit mai multe variante ale două ceasuri transcripționale existente, MultiTIMER și tAge. Chiar dacă a fost construit folosind date umane, cercetătorii au constatat că a fost destul de precis și în unele țesuturi de șoareci. Multe dintre expresiile genetice cheie s-au dovedit a fi legate de supresorul de tumori p53, care este asociat cu leziuni genetice.
Deși performanța sa nu a fost perfectă în toate seturile de date, în 19 din cele 30 de seturi, Pasta a putut determina exact care celule erau senescente și care erau proliferante. În patru din celelalte cinci seturi de date, a putut determina care celule erau senescente și care erau doar quiescente. A fost de asemenea foarte bună în determinarea compușilor care induc senescența și a putut determina care celule au fost induse în pluripotență și care nu.
„Împreună, aceste rezultate arată că Pasta urmărește în mod fiabil nu numai vârsta țesutului, ci și vârsta celulară pe un continuum care include stările pluripotente, diferențiate și senescente.”
Cercetătorii au aplicat apoi Pasta pe diferite tipuri de tumori canceroase. Aici, rezultatele au fost inconsistente.
Sursa informatiei: https://www.lifespan.io
Senior Editor RevistaSanatatii.ro. Pasionat de lifespan, fan David Sinclair.
